Nghiên cứu khoa học là nhiệm vụ của mỗi giảng viên. Số lượng các đề tài nghiên cứu khoa học các cấp của Khoa không ngừng tăng. Trong những năm gần đây, ngoài các đề tài nghiên cứu khoa học cấp cơ sở, số lượng các đề tài nghiên cứu cấp bộ, tỉnh, thành phố, nhà nước, đề tài thuộc Chương trình Hoá dược, Chương trình trọng điểm quốc gia về y tế KC10, NAFOSTED chương trình phát triển khoa học và công nghệ quốc gia điều kiện nghiên cứu cơ bản trong khoa học tự nhiên và kỹ thuật đã gia tăng đáng kể. Khoa Dược tích cực tham gia các dự án hợp tác nghiên cứu được tài trợ bởi Cộng đồng Châu Âu với các trường đại học, viện nghiên cứu Châu Âu như dự án COLOSPORE (đã kết thúc), MEDIHEALTH (đang thực hiện).
Từ 2012 tới nay, Khoa đã có 154 bài báo được công bố trên các tạp chí chuyên ngành quốc tế và hơn 700 bài báo công bố trên các tạp chí chuyên ngành trong nước.
Khoa Dược thường xuyên tổ chức các buổi sinh hoạt khoa học định kỳ hàng tháng, hội nghị Khoa học kỹ thuật hàng năm và các cuộc thi nghiên cứu khoa học cho đối tượng sinh viên, giảng viên trẻ (Nghiên cứu mùa hè, Đi tìm thần Dược…) nhằm cập nhật những xu hướng nghiên cứu mới và tạo môi trường trao đổi kiến thức trong lĩnh vực Dược.