Khoa Dược Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh có lịch sử từ năm 1947.
Tháng 9 năm 1947, sau ngày Pháp tái chiếm Việt Nam, toàn quốc kháng chiến, Y Dược Đại học Đường Sài Gòn do Giáo sư Massias (người Pháp) làm Khoa Trưởng.
Sau Hiệp định Geneve 1954, chi nhánh này trở thành Y Dược Đại học Đường Sài Gòn, Hiệu trưởng là Giáo sư Trần Quang Đệ, trụ sở tại số 27 đường Trần Quý Cáp (nay là Bảo tàng chứng tích chiến tranh, đường Võ Văn Tần, Quận 1, TPHCM).
Do sự phát triển qui mô đào tạo, tháng 8 năm 1961 bộ phận đào tạo Dược tách khỏi Y Dược Đại học Đường Sài Gòn để thành lập trường đại học là Dược Khoa Đại học Đường Sài Gòn, trực thuộc Viện đại học Sài Gòn, có trụ sở tại số 169 đường Công Lý (nay là Nhà Thiếu nhi TP. Hồ Chí Minh, đường Nam Kỳ Khởi Nghĩa, Quận 3, TPHCM). Hiệu trưởng đầu tiên của Dược Khoa Đại học Đường Sài Gòn là Giáo sư Trương Văn Chôm. Từ tháng 12 năm 1963, GS. Nguyễn Vĩnh Niên được bổ nhiệm làm Khoa Trưởng và đảm nhận nhiệm vụ đến tháng 4 năm 1975.
Tháng 4 năm 1964. trụ sở Dược Khoa Đại học Đường Sài Gòn được dời về Thành Cộng hoà số 41 Cường Để và duy trì đến hiện nay là 41 Đinh Tiên Hoàng, Quận 1, TPHCM.
Do đầu năm 1975, GS. Nguyễn Vĩnh Niên được đề bạt và bổ nhiệm làm Viện trưởng Viện Đại học Sài Gòn. Ngày 04 tháng 4 năm 1975, Hội đồng khoa đã đề cử GS. Tô Đồng thay thế làm Khoa trưởng Dược Khoa Đại học Đường Sài Gòn. Thời điểm này, trong bối cảnh hoang mang do chiến sự, GS. Tô Đồng đã không thực sự điều hành nhà trường. Ngày 30 tháng 4 năm 1975, Sài Gòn và Miền Nam được hoàn toàn giải phóng. Trong niềm phấn khởi chung của cả nước, đội tự vệ sinh viên dược khoa nhanh chóng được thành lập và đã phối hợp với một số giáo sư yêu nước quản lý nhà trường, bảo quản tốt các tài sản phương tiện giảng dạy. Ngày 07 tháng 5 năm 1975, tổ quân quản gồm DS. Bùi Quang Tùng, DS. Nguyễn Khang và DS. Hoàng Ân đã tiếp quản trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn. Từ ngày 12 tháng 5 năm 1975, tổ quân quản được tăng cường thêm DS. Nguyễn Kim Hùng và DS. Nguyễn Văn Thớ.
Ngày 12 tháng 6 năm 1975, năm học 1974-1975 của trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn trực thuộc Bộ Y Tế - Xã Hội và Thương Binh – Cộng Hòa Miền Nam Việt Nam được tái giảng. Tháng 9 năm 1975, Bộ ra quyết định bổ nhiệm Ban phụ trách trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn gồm DS. Nguyễn Kim Hùng (trưởng ban) và TS. Võ Phi Hùng, nguyên phó khoa trưởng trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn cũ làm phó ban.
Ngày 25 tháng 12 năm 1975, chính phủ cách mạng lâm thời miền Nam Việt Nam quyết định chuyển Viện Bào Chế Thái Vân cho trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn để thành lập Xưởng trường. Đầu năm 1976, ban phụ trách Xưởng trường được thành lập.
Ngày 08 tháng 3 năm 1976, Bộ Trưởng Bộ Y Tế - Xã Hội và Thương Binh ký quyết định số 191/YTXHTB/HL bàn giao trường Đại học Dược Khoa Sài Gòn cho Bộ Giáo Dục và Thanh Niên.
Sau hội nghị hiệp thương thống nhất đất nước, Thành phố Sài Gòn chính thức mang tên Bác-Thành phố Hồ Chí Minh. Để giải quyết các vấn đề về lãnh đạo và tổ chức, ngày 27 tháng 10 năm 1976, Thủ tướng Phạm Văn Đồng ký quyết định thành lập trường Đại học Y Dược Thành phố Hồ Chí Minh trên cơ sở sáp nhập 3 trường là Y khoa Đại học đường Sài Gòn, Nha khoa Đại học đường Sài Gòn và Dược khoa Đại học đường Sài Gòn, các trường trở thành Khoa Y, Khoa Răng hàm mặt và Khoa Dược.
Ngày 18 tháng 01 năm 1977, Bộ Y tế ra Quyết định số 85/BYT-QĐ quy định tổ chức, chức năng, nhiệm vụ của Đại học Y Dược TP.HCM và bổ nhiệm Giáo sư Trương Công Trung làm Hiệu trưởng, Giáo sư Võ Thế Quang làm Phó Hiệu trưởng, DS. Nguyễn Kim Hùng (nay là Giáo sư) làm Phó Hiệu trưởng, kiêm nhiệm Khoa Trưởng Khoa Dược. Tháng 9 năm 1977 tổ chức lễ khai giảng năm học đầu tiên của Trường Đại học Y Dược mới thành lập.
Năm 1990, DS. Vũ Khánh (nay là Phó Giáo sư) được bổ nhiệm làm Khoa Trưởng Khoa Dược và từ năm 1992 đồng thời được bổ nhiệm làm Phó Hiệu trưởng Trường Đại học Y Dược TP.HCM.
Từ năm 1999, TS. Lê Quan Nghiệm (nay là Giáo sư) được bổ nhiệm làm Khoa Trưởng Khoa Dược và từ năm 2004 đồng thời được bổ nhiệm làm Phó Hiệu trưởng Đại học Y Dược TP.HCM.
Theo nghị định 49/2003/NĐ-CP, ngày 15 tháng 5 năm 2003, trường Đại học Y Dược TP.HCM được đổi thành Đại học Y Dược TP.HCM, chuẩn bị đề án phát triển thành đại học y dược trọng điểm vùng và các khoa phát triển thành các trường thành viên, như vậy Khoa Dược dự kiến trở thành Trường Đại Học Dược TP. Hồ Chí Minh.
Mặc dù có nhiều thay đổi về tổ chức trong lịch sử phát triển, Khoa Dược - Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh là đơn vị duy nhất đào tạo Dược sĩ đại học tại miền Nam cho đến năm 2003 - năm thành lập trường đại học Y Dược Cần thơ, do đó Khoa Dược đã là mái trường chung của hàng chục ngàn dược sĩ. Hiện nay, cùng với trường đại học Dược Hà nội, Khoa Dược - Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh là một trong hai trường đào tạo chuyên ngành Dược lớn nhất Việt Nam.