Khoa Dược thiết lập các quan hệ quốc tế, triển khai các hoạt động hợp tác với các trường đại học, các tổ chức giáo dục, khoa học và công nghệ trong và ngoài nước nhằm nâng cao năng lực đào tạo, nghiên cứu khoa học và thúc đẩy quá trình tiếp cận hội nhập khu vực và quốc tế.
Bên cạnh các quan hệ hợp tác trong khuôn khổ của Đại học Y Dược TP. Hồ Chí Minh, Khoa Dược đã ký MOU và hợp tác với Khoa Dược của nhiều trường đại học trong khu vực Đông Nam Á, Đông Á, Châu Âu và Bắc Mỹ, như: Thái Lan (Mahidol, Chulalongkorn, Khon Kaen, Eastern Asia, Thammasat), Nhật Bản (Takasaki), Hàn Quốc (Đại học quốc gia Seoul, Sungkyunkwan, Kangwon, Gachon, Ajou, Chonnam), Pháp (Angers, Bordeaux, Caen Basse-Normandie, Lyon, Paris Descartes), Mỹ (California Northstate, California San Francisco, California San Diego).